//Programmer: Rory Carmichael
//Purpose: Run the minmax algorithm
//Usage: minmax <inputfile>

#include <stdio.h>
#include <unistd.h>
#include <ctype.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <math.h>
#include <errno.h>
#include "hash_table.h"

char dna2aa(char *codon) {
	if(codon[0] == 'N' || codon[1] == 'N' || codon[2] == 'N') {
		return '!';
	} else if(strncmp(codon,"GC",2) == 0 ) {
		return 'A';
	} else if (strcmp(codon,"TGT") == 0 || strcmp(codon,"TGC") == 0) {
		return 'C';
	} else if (strncmp(codon,"GA",2) == 0) {
		return 'D';
	} else if (strcmp(codon,"TTT") == 0 || strcmp(codon,"TTC") == 0) {
		return 'F';
	} else if (strncmp(codon,"GG", 2) == 0) {
		return 'G';
	} else if (strcmp(codon,"CAT") == 0 || strcmp(codon,"CAC") == 0) {
		return 'H';
	} else if (strcmp(codon,"ATT") == 0 || strcmp(codon,"ATC") == 0 || strcmp(codon,"ATA") == 0) {
		return 'I';
	} else if (strcmp(codon,"AAA") == 0 || strcmp(codon,"AAG") == 0 ) {
		return 'K';
	} else if (strcmp(codon,"TTG") == 0 || strcmp(codon,"TTA") == 0 || strncmp(codon,"CT",2) == 0) {
		return 'L';
	} else if (strcmp(codon,"ATG") == 0) {
		return 'M';
	} else if (strcmp(codon,"AAT") == 0 || strcmp(codon,"AAC") == 0) {
		return 'N';
	} else if (strncmp(codon,"CC",2) == 0) {
		return 'P';
	} else if (strcmp(codon,"CAA") == 0 || strcmp(codon,"CAG") == 0) {
		return 'Q';
	} else if (strncmp(codon,"CG",2) == 0 || strcmp(codon,"AGA") == 0 || strcmp(codon,"AGG") == 0) {
		return 'R';
	} else if (strncmp(codon,"TC",2) == 0 || strcmp(codon,"AGT") == 0 || strcmp(codon, "AGC") == 0) {
		return 'S';
	} else if (strncmp(codon,"AC",2) == 0) {
		return 'T';
	} else if (strncmp(codon,"GT",2) == 0) {
		return 'V';
	} else if (strcmp(codon,"TGG") == 0) {
		return 'W';
	} else if (strcmp(codon,"TAT") == 0 || strcmp(codon,"TAC") == 0) {
		return 'Y';
	} else if (strcmp(coodn,"TAA") == 0 || strcmp(codon,"TAG") == 0 || strcmp(codon,"TGA" == 0)) {
		return '*';
	} 
	return '!';
}

int syncount(char aa) {
	switch(aa) {
		case 'F':
		case 'N':
		case 'K':
		case 'E':
		case 'Y':
		case 'Q':
		case 'C':
		case 'H':
		case 'D':
			return 2;
		case 'S':
		case 'L':
		case 'R':
			return 6;
		case 'T':
		case 'V':
		case 'A':
		case 'P':
		case 'G':
			return 4;
		case 'M':
		case 'W':
			return 1;
		case 'I':
			return 3;
		default:
			return -1;
	}
}

int main(int argc, char **argv) {
	int windowsize = 17;

	return 0;
}
